Los profesores de esta época piensan que la enseñanza debía ir acompañada de prácticas en la que los alumnos comprobasen todas las verdades que se estudiaban en los programas oficiales. El gabinete sería el lugar donde se guardarían las colecciones, donde se expondrían a modo de museo y donde se harían las prácticas o demostraciones.”Todo se aprende mejor si se hace a través de varios sentidos”.

Convencidos de lo provechoso de este sistema se inició el GABINETE DE HISTORIA NATURAL. Era difícil montarlo en poco tiempo, con poco dinero y, más difícil, si se montaba, según quería el Gobierno, con materiales procedentes de la comarca donde tuviera su sede el Instituto. Pero con el interés, el entusiasmo de los alumnos, de los padres y de las autoridades de Jerez, se consiguió instalar. Colaboraron pecuniariamente en su consecución la Junta Local de Instrucción Pública, el Rectorado de la Universidad y el Estado.

En esta época era profesor de la asignatura D. Juan E. Navarro que también lo fue de Matemáticas. El local elegido para el gabinete era rectangular de 7,5 metros de largo y 6 metros de ancho. Ocupaba el centro del edificio junto a la clase de Historia Natural. Dicen las memorias que era un lugar muy ventilado, alegre y de grandes ventanas. Tenía alrededor una vitrina de 30 metros para colocar materiales. Sin embargo, desde el primer momento se considera que aquel lugar no era el definitivo y se instaló pensando en la posibilidad de un próximo traslado, como sucedió más tarde en 1885 y después en 1953.

La preparación de los ejemplares de animales disecados las hacía Manuel Maqueda, que era profesor de Gimnástica y en sus horas libres se especializó en esta tarea taxidermista, inventó métodos y sistemas para la conservación y colocación de las plumas, de las escamas, de los ojos de los animales, etc.… “Lo que no conocía lo improvisaba”, dicen las memorias del curso 1861-62. Para la realización de esta tarea se nombró a un ayudante y cuando fue necesario también intervinieron los alumnos. Gran parte de los animales disecados de la colección son obra suya.

De estos primeros momentos son las colecciones siguientes:

• Colección de nidos, que alcanzó, en el año de 1862, el número de 30. (colección perdida)
• Colección de huevos que llegaron a ser unos 40. Aquí, se inicia y en la colección actual aun se conservan huevos de esta época.
• Colección de conchas para la que se consiguieron 60 especies.
• Colección de plantas que fueron más de 100
• Colección de minerales
• Colección de peces: unos 12 ejemplares, algunos de metro y medio y que aun hoy se conservan
• Mamíferos no había y como no había dinero para adquirirlos se hizo una colecta entre el profesorado y se pudieron conseguir 2.400 reales con las que se hicieron las primeras compras que procedieron de París.